Entrano in gioco quando altri piccoli animaletti hanno già fatto il loro dovere frantumando le particelle del terreno. Queste minuscole particelle sono poi completamente decomposte da funghi e batteri che rendono le sostanze nutritive in esse contenute disponibili per le piante. Questi microrganismi forniscono quindi il contributo maggiore alla decomposizione delle sostanze organiche. Essi permettono di chiudere quel ciclo che inizia con la biomassa vegetale morta, passa per la decomposizione e giunge infine al rilascio delle sostanze nutritive utilizzate per la crescita dalle piante.